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专利号 2020102113974 申请日 2020-03-24 专利名称 超级计算机平台上的分子动力学模拟短程力并行优化方法
授权日 2023-05-05 专利权人 山东大学 发明人 刘卫国;邵明山;张庭坚
主分类号 G16C10/00 关键词 应用领域
摘要 本公开提供了一种超级计算机平台上的分子动力学模拟短程力并行优化方法,将分子动力学应用中的多个相邻粒子放在一个组中,形成一个粒子包,实现数据聚集;确认缓存是否命中,如果缓存命中,只更新写缓存中的作用力数据,如果缓存未命中,把相应行中的原始数据放到主核内存中,并从主核内存中的获取需要的缓存行的数据,进行作用力数据的更新,并利用从核在其副本中记录每个缓存行的更新状态;将粒子包中的不同粒子的相同的位置元素改为连续,每个从核在主存中保留临时内存以存储由相应从核计算的邻居列表,将通过收集所有这些邻居列表来形成邻接表,将不同从核的邻居列表作为配对列表连接,完成优化。
创新点
技术分类 标 签 战兴产业 新一代信息技术    新兴软件和新型信息技术服务
运营方式 合作方式
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