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专利号 2025108734887 申请日 2025-06-27 专利名称 分子动力学邻接表构建优化方法、系统及超级计算机平台
授权日 2025-09-23 专利权人 山东大学 发明人 段晓辉;安会海;高萍;刘卫国
主分类号 G16C10/00 关键词 应用领域
摘要 本发明属于分子动力学领域,为解决传统邻接表构建时缓存命中率下降等问题,提供了分子动力学邻接表构建优化方法、系统及超级计算机平台。分子动力学邻接表构建优化方法包括将各个物理空间内的原子坐标映射到三维整数网格坐标;对所有原子的三维整数网格坐标进行一维映射编码并对所有原子进行排序;聚簇排序后的所有原子,得到若干个原子簇并初始化其内的共享状态;基于初始化的每个原子簇内的共享状态,构建每个原子簇的候选邻居区域;根据向量化指令统一遍历各个原子簇的候选邻居区域,构建各个原子簇各原子的邻接表并写入全局邻接表中,实现了更大规模、更高效率的分子模拟。
创新点
技术分类 标 签 战兴产业 新一代信息技术    新兴软件和新型信息技术服务
运营方式 合作方式
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【关 闭】